Mônica, agora que vi este tópico.

Primeiramente creio que deve entender como funciona o sistema de compras de órgãos públicos em geral, ou seja, vou explicar o processo com brevidade e caso tenha alguma dúvida poderá consultar a Lei 8.666/93 ou perguntar:

1 - Dependendo a modalidade do procedimento licitatório são geradas Atas de Registro de Preços, contratos de execução de serviços ou fornecimento de bens ou Notas de Empenhos.
Estes documentos servem para comprovar que determinado valor está sendo ou será retirado de uma determinada dotação orçamentária do órgão público para cumprir as obrigações relativas às necessidades do órgão público.

2 - O fato de existir uma Nota de Empenho não significa que haverá liquidez no pagamento. trata-se de um documento emitido pelo órgão público para justificar a retirada de um valor de uma determinada dotação orçamentária.

3 - Não poderá aceitar Nota de Empenho como garantia de obrigações assumidas pelo seu cliente. Resumindo a Nota de Empenho serve apenas para comprovar que há um serviço ou fornecimento de bens a ser executado pelo seu cliente junto àquele órgão público.

Olá, Mônica!

Veja só, trabalhar com Prefeitura e uma questão delicada. Sugiro que conheça todos os tramites legais que envolvem o processo de compras deste nicho de mercado.
O empenho da despesa é o ato emanado de autoridade competente que cria para o Estado obrigação de pagamento pendente ou não de implemento de condição.
‘Apesar de o empenho não ser a fase inicial de uma despesa, pois outros atos vão antecedê-lo, não há dúvida de que se constitui em uma das fases mais importantes. Na verdade, o empenho é uma das fases mais importantes por que passa a despesa pública, obedecendo a um processo que vai até o pagamento. O empenho não cria obrigação e, sim, dá início à relação contratual entre o Estado e seus fornecedores e prestadores de serviços’.

Como se nota, o empenho é de suma importância na despesa pública. É uma garantia ao fornecedor e ao mesmo tempo um controle dos gastos. O empenho é o registro da despesa, o qual resulta na nota de empenho, sendo que a primeira via deve ser entregue ao fornecedor.

Eu fiz estágio no terceiro ano da faculdade em uma autarquia da minha cidade na área de compras.. Então quando fazemos uma cotação e fechamos uma compra com a empresa que atende melhor as necessidades da autarquia, como valor, prazo de entrega, condições de pagamento, ou seja conforme o combinado, o prazo de pagamento com fornecedor o mesmo receberá dentro deste prazo.
O processo funciona assim, após a emissão da nota e entrega da mercadoria o almoxarifado encaminha a nota para o setor de compras que encaminha a nota e uma carta solicitando o empenho deste valor para pagamento desta nota ao setor financeiro. O empenho nada mais é do que a reserva de dinheiro para pagamento de um determinado material solicitado por determinado setor da autarquia, onde o financeiro tem uma cota reservada para cada setor da autarquia por ano.
Enfim, a autarquia que trabalha desta forma parece um dinossauro, tem vários processos, várias etapas para seu processo interno de informações. Mas em geral isto funciona, faz com que a autarquia não compre mais do que possa pagar.

Mônica, aconselho você a não perder tempo com órgãos que trabalham com nota de empenho, uma vez que, pelo o que eu sei, tratam-se de órgãos públicos.
A nota de empenho não garante o pagamento, ou seja, trata-se de um documento interno dos referidos órgãos que, segundo eles, determinada verba já estaria destinada e comprometida com certa compra. Na teoria deveria ser isto, só que na prática não é bem assim que acontece.
Não sei em SP como vocês tratam as vendas para empresas públicas. Na maioria do comércio aqui em BH o faturamento para estas empresas só é feito com pagamento antecipado, uma vez que a maioria delas compra mas não paga.
Espero ter te ajudado a resolver este problema.
Lembro que a política de vender ou não para órgãos públicos é de cada um, não existindo uma regra geral.