Olá!
Inicialmente, aconselharia evitar a prática de receber com cheques de terceiros. No entanto, não sendo possível, sugiro solicitar ao seu cliente endossar os cheques que está lhe fornecendo, pois se estão nominais à empresa de seu cliente, este deverá carimbá-los (carimbo com CNPJ) e assiná-los (verso). Sugiro ainda anotar no verso de cada cheque os dizeres: "pagamento parcial da nota fiscal nº ------), criando-se desta forma, um vínculo entre os cheques e a nota fiscal. Importante: se não houver cadastro de clientes, registrar ainda telefone e endereço.