A forma que trabalho na Empresa é relevando os juros, caso o cliente pague no cartório.

1. juros de 1% a.m. e 2% de multa.

2. prazo nos cartórios do Paraná são de 3 dias, em outros estados não sei informar.

3. no caso de duplicata o próprio cartório faz o cálculo, e de cheque (na minha cidade) não é feita a correção. Ou seja, pode até cobrar. O problema vai ser de o cliente pagar. Pois, ele já estará de posse do cheque.

Quanto a este assunto, tenho outra duvida:
Existe alguma forma do cartório cobrar um juro maior sobre o boleto, juro este que pelo menos se equipare com as taxas cobradas pelos credores e bancos?

A Lei Federal 9.492/97, é a Lei que regulamenta o serviço de Protesto em âmbito nacional, a partir daí, cada Estado tem suas Normas de Serviço Extrajudicial para serem seguidas. No Estado de São Paulo, não é permitido, em cartório, a cobrança de juros de títulos enviados à protesto, salvo em hipóteses que existam contratos vinculados à cártula contendo cláusulas que admitam essa cobrança pela Serventia. Resumindo, em casos de duplicata de venda ou serviço, no Estado de São Paulo, não é permitido essa cobrança em protesto. Na prática, o que ocorre com muita frequência, é a emissão de duplicata para cobrança dos juros que não puderam ser cobrados em protesto, porém, essa prática é totalmente ilegal, considerando que as duplicatas são originadas de uma venda ou de um serviço, comprovados através da nota fiscal (que discrimina as mercadorias ou serviços) e do respectivo canhoto (que comprova a entrega das mercadorias ou a efetiva prestação do serviço). Portanto, ilegal emitir duplicata de "venda" para cobrança de "juros".