Fernanda,

Consulte a Lei do Cheque: a Lei nº 7.357/85 - Lei do Cheque.
Nela você encontrará todas as respostas para suas dúvidas.
Adianto que, para você tomar qualquer atitude o documento tem que ter o motivo da sua inclusão junto ao cartório de protestos SPC ou SERASA. Você não poderá tomar nenhuma atitude com um cheque que você nem sabe se ele tinha ou não fundos.
Qualquer duvida entre em contato novamente.

Caso o cheque esteja prescrito e não tenha sido devolvido por falta de fundos, Como devo cobrá-lo?

Ainda posso depositá-lo para que o mesmo seja devolvido?

Qual ação apropriada?

Situação complicada, pois o protesto tem a finalidade de reconhecer a mora de um determinado documento, ou seja, ocorreu o protesto, porque o cliente está devendo até aquela data o documento, no caso aqui, o cheque.
No entanto, como dizer que os cheques que não foram apresentados não teriam fundos?
Não ocorreu a cobrança dos mesmos, por erro, ou questões internas da empresa, então não existe atraso dos mesmos.
A questão da validade do cheque é justamente para isso, para que o mesmo seja cobrado no período de 06 meses.
Não acredito que o cartório vá protestar sem a devida apresentação no banco, no entanto, duvido que não proteste se os mesmos forem devolvidos, independentemente da alínea, por isso, seria interessante depositar os mesmos.
Poderia consultar o cartório antes de tomar qualquer medida, isso poderia ajudar.

João Bosco