Pode sim, protestar só valor que falta receber.

Exatamente, como o Ari comentou! Você pode fazer o protesto pelo saldo da duplicata. Basta você usar a mesma declaração citada no site sobre como protestar a nota promissória pelo saldo devedor. A declaração deve constar no verso do título de crédito: "Protestar pelo saldo de R$ ............., São Paulo, 14/08/2013, Assinatura do Credor". O protesto pelo saldo devedor é possível para outros títulos de crédito. Você também pode realizar o protesto pelo saldo do cheque, basta inserir a mesma declaração no verso do para protesto do título. A declaração do verso pode incluir até a memória de cálculo dos pagamentos efetuados. Por exemplo: “R$ 1.000,00 - Valor principal R$ - 200,00 - Pagamento parcial em 14/06/2013 R$ - 150,00 - Pagamento parcial em 25/07/2013 ------------------- R$ 650,00 - Saldo devedor Protestar pelo saldo de R$ 650,00, São Paulo, 14/08/2013, Assinatura do Credor". Saudações, Moderador do Fórum

Boa Tarde! Você pode sim protestar somente o saldo devedor, não somente pode como deve, pois, se o cliente atestar que a divida já foi paga parcialmente e o protesto estiver no valor integral da divida assumida o protesto pode ser considerado nulo. A Lei que rege as regras de Protestos de Títulos é a 9.492/97. Dá uma olhadinha lá que poderá te esclarecer varias duvidas. Espero ter ajudado.