Conforme expresso na Súmula 17 do Tribunal de Justiça/SP, ao dispor que:

"A prescrição ou perda de eficácia executiva do título não impede sua remessa a protesto, enquanto disponível a cobrança por outros meios".

Isto porque, nos termos do art. 1o da Lei 9.492/97 o protesto "prova inadimplência e o descumprimento de obrigação originada em títulos e outros documentos de dívidas", o que permite o protesto do cheque, ainda que prescrita a ação executiva, porque permanece sendo documento representativo de dívida, enquanto não prescrita a cobrança por outro meio (ação monitoria, por exemplo), servindo, no caso, o protesto, para interromper a prescrição (art. 202 do Código Civil).

Resumindo, SIM é possível o protesto após 6 meses e após 5 anos da emissão do cheque.

Importante destacar que para realizar o protesto deve preencher as exigência do Cartório, sendo: Alíneas que cabem protesto: 11, 12, 13, 14, 21, 22, 31, 44.
Além das alíneas o cheque com mais de 1 ano o cartório exige a carta do Banco emissor com o endereço do Devedor.

Espero ter ajudado,

Abraços,

Carlos Méndez Clark