Mara, bom dia!
Quando uma empresa protesta um cliente é porque geralmente esgotou todas as tentativas de renegociação da dívida vencida
Boleto, Duplicata, cheque ou NP),
Então após encaminhar correspondência para o cliente se dá o protesto, o cliente paga o valor em cartório com as custas que geralmente é em torno de 20% da dívida, mas o cartório cobra antes o valor para empresa e após o cliente efetuar o pagamento no cartório, esse repassa para empresa o valor cobrado antecipado, então a empresa fornece a carta de anuência para que o cliente baixe o protesto junto ao cartório.
Você pode cobrar o juros de mercado conforme a Lei determina. Mas, sugiro que você analise caso a caso. Na empresa que eu trabalho geralmente não cobramos os juros, mas, também bloqueamos o cadastro do cliente para futuras compras, ou, dependendo do cliente, cobramos o juros e re-analisamos seu cadastro para futuras compras.
Um abraço!
Uirassú Júnior