Olá, amigos (as)!
O cheque clonado é passível sim de cobrança judicial. Porém, verifique primeiro que tipo de clonagem ele sofreu e quem o foi o seu emissor. Caso contrário vocês também podem ser processados por calunia e difamação.
Uma ótima opção é verificar se no dia do recebimento do cheque vocês possam localizar o emissor em algum circuito de câmera de vigilância próximo a loja (caso isso não seja possível tente arranjar alguma forma de comprovar que foi o correntista que emitiu o cheque fraudado).
Quanto à alínea 40, o emissor é sim responsável pelo pagamento do cheque, basta apenas provar a causa para o pagamento e seu respectivo valor. Em ambos os casos os danos morais e materiais são muito maiores que os valores impressos no cheque, além é claro que alínea 35 e 40 são passiveis de processos penais no artigo 171.